Den södra delen av Serengetis nästan oändliga grässlätter kallas Ndutu-området. Det är uppkallat efter saltsjön Lake Ndutu, som tillsammans med den närliggande Lake Masek, ligger mitt i ett gigantiskt platt område med ganska kort gräs, medan sluttningarna ner mot sjöarna är täckta av öppen akacieskog. Även om det ofta hänvisas till som det södra Serengeti, ligger huvuddelen av området faktiskt i Ngorongoro Conservation Area tillsammans med den berömda kratern, medan själva Serengeti nationalpark ligger norr och väst om detta.
Ndutu-området är särskilt känt för att vara betesmark för den stora flocken på över en miljon vandrande gnuer och zebror, "den stora migrationen", under årets första månader. Det här området är kanske den allra viktigaste destinationen på denna stora årliga vandring på grund av det korta gräset. Detta beror på att denna typ av gräs är rikt på mineraler från den vulkaniska jorden, vilket är viktigt för gnukalvarna och zebranyfölen. De föds nästan alla här, där de diar de första månaderna av sina liv. Den mineralrika mjölken är därför en livsviktig start för cirka en halv miljon gnu- och zebrakalvar som kommer till världen från december till mars. Flera hundra tusen gaseller uppehåller sig också på de kortgrässlätterna under denna period, så djurantalet är helt unikt.
Förutom de stora flockarna av gnuer, zebror och gaseller under säsongen, är Ndutu-området också känt för att hysa hela sex av Afrikas kattdjur; från den lilla afrikanska vildkatten till de större servalerna och karakalerna, och till de allra största, nämligen lejon, leoparder och geparder. Särskilt för de senare är detta bland de absolut bästa platserna på hela kontinenten för att se denna ultimata sprinter. Hyenor ses också ofta i området, där särskilt fläckiga hyenor är talrika och lever i stora flockar, medan den skygga strimmiga hyenan lever som en solitär och ses oftare här än de flesta andra platser.
När de korta gräsen torkar ut från juni till november, och de stora djurflockarna drar norrut, ses de flesta djur i områdets akacieskogar runt sjöarna. Här lever bland annat elefanter och giraffer, samt flera arter av antiloper och apor. I Ndutu- och Maseksjöarna, båda låga saltsjöar, lever några flodhästar, medan det ibland ses många flamingos. Fågellivet är generellt sett mycket rikt och varierat, och om några fåglar ska lyftas fram måste det vara de många rovfåglarna och särskilt gamarna, som ses i stort antal.
